SE(システムエンジニア)の仕事は、どちらかというと、男性社会です。そんな男性社会で生活し、戦うわけですから、女性SEならではの悩みがあるのではないでしょうか。
女性SE(システムエンジニア)100人にアンケート調査をしました。

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【女性SE100人に聞きました】 
調査方法 : インターネット調査(マクロミルモニタを利用)
調査対象 : 全国20〜59歳のシステムエンジニア
調査時期 : 2015年1月
有効回答数 : 100サンプル
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順位項目票数 
1きつい、残業多い18■■■■■■■■■
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2男社会であり、女性の悩みを相談できない。
キャリアの見本もいない
14■■■■■■■
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3女ということで、スキルが無いとみられるたり、
馬鹿にされる
13■■■■■■■
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4特に子供を抱えると、家庭との両立が困難12■■■■■■
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5男女平等に扱われない
(雑用が多く、責任ある仕事がまわってこない)
8■■■■
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6労働環境が男性向け
(トイレが無かったり、エアコンの温度設定が低い)
6■■■
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女性ならではの悩みを聞きましたが、「女性だからということでの悩みはない(51歳女性)」「特になし」という意見もたくさんありました。また、「客先では叱られるのは常に男性で「ラッキー」と考えていた(53歳女性)」というように、女性ならではのプラス面の意見もありました。
上記のようなマイナス面があることも事実ですが、そればかりではないということもご理解ください。

以下が、女性SE(システムエンジニア)の主な意見である。

1.きつい、残業が多い 18票
・打合せが男性の体力に合わせて行われるのが大変だった。長時間や休日、深夜まで打合せが続く事が多いと疲れが貯まった。(46歳女性)
・繁忙期などは、体力が持たない。(37歳女性)
・以前は作業時間が不規則だったので肌荒れ、生理不順(46歳女性)
・案件の進捗、状況、システム不具合による呼び出しなどハードなため生活が不規則になることで体調管理が大変。家にいる時間が短いため家事など旦那の協力がないとなかなか難しいと思う。(30歳女性)
・体力勝負なところがあるので、深夜残業などがつらい(30歳女性)

2.男社会であり、女性の悩みを相談できないし、キャリアの見本もいない 14票
・周りが男ばかりで女性特有の話ができる相手が身近にいなくてつまらない(46歳女性)
・職場に女性が少なく、目標とするキャリアが見えにくい。(35歳女性)
・世代や家庭環境の異なる女性同士で仕事を進めるのが、ときに難しい。結婚していれば「いつ子供ができる(無理がきかなくなる)かわからないので信頼できない」となるし、結婚していなければ「人生経験が足りない」となる。子供ができて育休をとってしまうと、以前の職位には100%復帰できない。男性にはない困難が多いと思う。(47歳女性)
・職業柄か職場に男性が多く、女性特有の悩みが相談しにくいこと。(キャリアのモデルケースにする先輩がほぼいない)(29歳女性)
・周りが男性ばかりで女ならではの悩みがわかってもらえない(28歳女性)

【参考】
以下は、IT人材白書2016における、女性の割合です。正確な数字は分かりませんが、女性割合は1割強ということでしょう。とても少ないですね。
1 
3 
3.女ということで、スキルが無いとみられるたり、馬鹿にされる 13票
・新人の頃、忙しい現場で女という理由で仕事を減らされた。(44歳女性)
・実務以外の雑用を頼まれることがあり、それに対して感謝はされるが、自分のメリットは何もない。(46歳女性)
・技術力が無いと思われるので、初対面の人とはゼロからではなくマイナスからのスタート。(36歳女性)
・打ち合わせで軽くなめられてる気がする。(27歳女性)
担当SEが私だと説明しても、受付の人じゃなくてちゃんとしたSEと話がしたいと言われる女性SE(システムエンジニア)- Copyright (C) viva-se.net システムエンジニアの仕事
画像: 担当SEが私だと説明しても、受付の人じゃなくてちゃんとしたSEと話がしたいと言われる女性SE(システムエンジニア)

4.特に子供を抱えると、家庭との両立が困難 12票
・残業、出張、休日出勤が多いし、イベントや打ち合わせは休めないので、子供の送迎のやりくり、子供の病気の時もついていてあげられないので、子供の犠牲が多いと感じる。(51歳女性)
・残業が多いので家事との両立が難しい。(26歳女性)
・タイトなスケジュールや突然の障害で、家庭と仕事の両立が難しい(37歳女性)
・トラブルの際の呼び出しに対応する際に子供をほってはいけない(31歳女性)
・残業ありきの職業のため、出産後に以前のような働き方ができず、キャリアアップが困難。(35歳女性)

5.男女平等に扱われない(雑用が多く、責任ある仕事がまわってこない) 8票
・体質の古い会社に行くと、雑用を押し付けられる。(33歳女性)
・男性と差がなく扱われるが待遇に差がある。(41歳女性)
・同年代の男性以上のスキルがないと相手にされない。(39歳女性)

6.労働環境が男性向け(トイレが無かったり、エアコンの温度設定が低い) 6票
・客先の工場内に女性用のトイレがなかった時に困りました。
・建設中の建物内で作業するとき、使用可能なトイレは男性用トイレだけのことがあり、同僚の男性に入り口に立ってもらったことがある。(48歳女性)
・サーバ室が寒い(42歳女性)
・チームで食事に行ったりするとき、他に女性がいなかったりすると、変に気を遣われたり、遣ったり。気にしなくていいのに、と思うこともありました。逆に、トイレ休憩とか、結構気を遣いました。(46歳女性)

その他
・圧倒的に男性社員が多いので、飲み会や日常の業務内でのセクハラ発言が多いこと(38歳女性)
・外出先での食事。上司に合わせてこってりものしか食べれないとき。(23歳女性)